Теоретически так и должно быть. Практически же, политика налоговых органов направлена на то, чтобы обеспечить как можно большую собираемость налогов. Поэтому, с точки зрения некоторых налоговых инспекций, логичен вариант, когда вы продаете акции, уплачиваете в бюджет налог, потом покупаете квартиру, а потом требуете физического возмещения суммы излишне уплаченного налога из бюджета.
Безусловно, продав акции не через налогового агента, вы, при самостоятельном заполнении декларации, сможете указать расходы на покупку квартиры в качестве расходов, уменьшающих налогооблагаемую базу. Но, будьте готовы к тому, что в некоторых особо ревностных инспекциях такая позиция (абсолютно законная) может встретить неприятие, и потребует защиты в суде.
Более подробную консультацию по вопросам налогообложения операций с ценными бумагами, уплаты НДФЛ, и заполнения налоговой декларации вы можете получить в Ивестиционной палате в вашем городе. Офисы инвестиционной палаты в настоящее время работают в 34 городах РФ.